Glosario de términos NGS

Secuencias cortas de DNA (oligonucleótidos) que se añaden a los extremos de cada fragmento de DNA durante el proceso de preparación de las librerías. Estas secuencias son complementarias con la plataforma de secuenciación empleada. Fuente

Segmento de DNA o RNA que resulta de la amplificación (producción de múltiples copias) de una secuencia de interés. Fuente

Cada una de las formas alternativas que puede tener un gen localizado en una posición específica (locus) de un cromosoma determinado. Fuente

Proceso de asignación de bases (nucleótidos) a cada señal detectada durante una reacción de secuenciación. Típicamente, cada secuenciador tiene integrado su propio software con el cual se lleva a cabo este proceso. Fuente

Resultado de la amplificación clonal de cada fragmento de la librería. Mediante sucesivas reacciones de amplificación, a partir de un único fragmento se genera un conjunto de fragmentos idénticos (clusters) que luego serán secuenciados. Fuente

Se refiere a la circunstancia en la que el número de copias de un segmento específico de ADN varía entre diferentes genomas individuales. Puede deberse a duplicaciones, deleciones u otros cambios estructurales. Fuente

A genetic characteristic or biological molecule which is becoming more apparent to be associated with disease development/progression.^2,29

EBUS is an advanced bronchoscopic technique employing a side-viewing ultrasound transducer (either convex or radial) combined with a fiberoptic bronchoscope. Clinicians can assess and sample lymph nodes within the proximal bronchial tree, the hilar regions, and anterosuperior mediastinum, as well as both endobronchial and peribronchial mass lesions. The convex EBUS scope allows for real-time ultrasound needle guidance. Newer scope types, including radial-EBUS, allow for more peripheral bronchial tree assessment with a 360-degree view.³⁰

ERBB2 is the human derivative of HER2 which encodes the HER2 protein which plays an important role in cellular functions including adhesion, differentiation, growth, apoptosis, and migration. ERBB2 mutations and amplifications have emerged as oncogenic drivers and drug targets in non-small cell lung cancer.³¹

Versión comprimida del formato SAM. Permite realizar un indexado para tener acceso directo a las posiciones genómicas. Fuente

Formato de texto que contiene los datos crudos (lecturas o reads) obtenidos por el secuenciador, incluyendo la secuencia biológica y las calidades asociadas a cada nucleótido. Este fichero es reconocido por las herramientas bioinformáticas encargadas del alineamiento. Fuente

Se obtiene a partir de los ficheros SAM/BAM. Permite almacenar las variaciones de la secuencia con respecto al genoma contra el que se alinea: SNPs, inserciones, deleciones y variantes estructurales, junto con ciertas anotaciones opcionales. Fuente

Soporte físico donde ocurre la formación de clusters para la posterior secuenciación en los equipos de Illumina. Es un soporte de vidrio cuya superficie está cubierta con oligonucleótidos complementarios a los adaptadores de las librerías que los contienen, permitiendo que éstas se unan y luego se formen los clusters. Fuente

Tipo de variante que genera un desplazamiento o cambio en el marco de lectura. Ocurre por una inserción o deleción de un número de nucleótidos que no es múltiplo de tres en una secuencia de DNA. Fuente

Secuencias que contienen varios nucleótidos iguales. Fuente

Zona dentro del genoma propensa a ser alterada y en la cual se detectan variantes más frecuentemente. Dicha región puede comprender un solo nucleótido, un codón o un exón. Fuente

Alteración genética en la cual se produce una inserción o una deleción. Fuente

Secuencias cortas de DNA (oligonucleótidos), específicas para cada muestra, que se añaden a los extremos de cada fragmento de DNA durante el proceso de preparación de las librerías. Gracias a ellos, es posible mezclar (multiplexar) y secuenciar en simultáneo muestras diferentes sin perder la identidad de cada una. Fuente

Tipo de alteración genética que consiste en la ganancia de un fragmento de DNA dentro de un cromosoma. Fuente

Cada una de las secuencias que se generan durante el proceso de secuenciación. Fuente

Fragmentos de DNA de una muestra a secuenciar, de un determinado tamaño, que en sus extremos contienen los índices y los adaptadores. En la secuenciación dirigida, estos fragmentos corresponden a las regiones de interés. Fuente

Proceso de identificar las localizaciones de las lecturas que han sido secuenciadas previamente, usando para ello un genoma de referencia. Fuente

Mínima frecuencia alélica reportada en las bases de datos poblacionales para una variante. Dependiendo del porcentaje, se puede considerar la variante como un polimorfismo (SNP). Fuente

Tipo de variante donde el cambio de un solo nucleótido resulta en el cambio de un codón que produce un aminoácido diferente. Fuente

O “hacer un pool de muestras”, consiste en agrupar varias muestras en un solo ensayo. El uso de índices posibilita mezclar varias muestras y secuenciarlas en una sola carrera, lo que permite reducir el costo de secuenciación por muestra. Fuente

Tipo de variante en un solo nucleótido que resulta en un codón de stop prematuro o en un codón que después de la traducción genera una proteína no funcional. Fuente

Secuencias que alinean en la región de interés. Fuente

Secuencias que alinean fuera de la región de interés. Fuente

Secuencia corta de DNA o RNA de aproximadamente 50 pares de bases. En secuenciación se utilizan como primers en las reacciones de amplificación. Fuente

Conjunto de programas que se usan para realizar un determinado análisis bioinformático. Se suelen recoger los datos que un programa muestra como salida y usarlos como entrada del programa siguiente. Fuente

Técnica de biología molecular cuyo objetivo es obtener un gran número de copias de un fragmento de DNA particular. Fuente

Método de secuenciación del DNA, también referido como método clásico de terminación de la cadena. Se basa en la polimerización del DNA y el uso de didesoxinucleótidos que sirven como terminadores de la reacción. Fuente

Técnica que consiste en la secuenciación de un conjunto de regiones previamente seleccionadas del genoma. Fuente

Variante que difiere en un nucleótido respecto al genoma de referencia (SNV) y que está presente en ≥1% de la población (polimorfismo). Fuente

Variante consistente en el cambio de un solo nucleótido respecto del genoma de referencia. Una SNV puede ser sinónima o no (missense). Fuente

Proceso co-transcripcional conocido como “corte y empalme”. Una vez sintetizada la molécula de ARNm, se eliminan los intrones y se dejan únicamente los exones para formar una cadena de ARNm maduro que será transportada al citoplasma para su traducción. Fuente

Secuencias cortas de DNA (oligonucleótidos) que se añaden a los extremos de cada fragmento de DNA durante la preparación de las librerías. Permiten identificar y eliminar durante el análisis los duplicados de PCR generados en la preparación de las librerías. Fuente

Frecuencia alélica de una variante. En secuenciación, hace referencia a la proporción de lecturas de la región de interés que contienen la secuencia alternativa (variante) respecto de las lecturas que contienen la secuencia de referencia. Fuente

Programa que permite realizar el variant calling a partir de una secuencia de DNA previamente alineada frente el genoma de referencia. Fuente

Paso en el análisis que consiste en la detección de aquellas variantes presentes en la secuencia de DNA que se está analizando respecto de la secuencia del genoma de referencia. Fuente

Cambio en la secuencia nucleotídica que después del proceso de traducción no deriva en el cambio de la secuencia de aminoácidos de la cadena polipeptídica, por lo que no se generan cambios estructurales ni funcionales de la proteína. Fuente

Son variantes para las que, en el momento de la interpretación, no hay evidencias suficientes como para indicar si están relacionadas o no con una enfermedad. No cumplen los criterios para ser catalogadas como patogénicas o benignas. Fuente

Técnica que consiste en la determinación de la secuencia del genoma completo de un organismo incluyendo, además del DNA cromosómico, el DNA mitocondrial. Fuente

Técnica que consiste en la determinación de la secuencia del exoma, es decir, solo la parte codificante del DNA genómico. Fuente